Symbole de la chaleur et du soleil de la Méditerranée, le citron a des origines asiatiques mais il provient plus précisément de l'Extrême-Orient (l'Inde et la Chine) où il demeure à l'état sauvage.

Connu en Chine, en Inde et dans toutes les civilisations de la Mésopotamie grâce à ses propriétés antiseptiques, antirhumatismales, et stimulantes, il est considéré sacré dans les pays islamiques, où on l'utilisait principalement comme antidote contre les poisons, comme astringent contre les formes diarrhéiques hémorragiques ainsi que pour éloigner le Démon des foyers. Les anciens Egyptiens l'employaient pour embaumer les momies et le déposaient souvent dans les cercueils accompagné de dattes et de figues.

Les Grecs l'importaient de la Médie et l'utilisaient comme ornement, mais aussi pour parfumer le linge et le défendre des mites. Les premières vraies descriptions de l'usage du citron dans les traitements thérapeutiques remontent aux œuvres de Théophraste, l'élève d'Aristote, qui est considéré le fondateur de la phytothérapie. C'était dans la tradition des Helléniques de cultiver des citronniers tout près des oliviers de façon à défendre ces derniers des parasites.

C'est Pline qui parla également du citron dans ses traités et qui le prescrivit, entre autre, comme antidote à plusieurs poisons. Malgré la croyance que les anciens Romains ne connaissaient point ce fruit, c'est en 1951 qu'une découverte archéologique a démenti cette opinion très répandue: c'est dans le cours de fouilles effectuées à Pompéi qu'émergea une maison, appelée la « Casa del frutteto » (la Maison du verger ), en raison de fresques sur les murs qui représentaient différentes plantes parmi lesquelles, justement, le citronnier.

Si l'on considère que Pompéi a été détruite après une éruption du Vésuve en l'an 79 après Jésus-Christ et que Pline l'Ancien l'avait déjà mentionné avant sa mort (pendant cette éruption-même) dans son œuvre Naturalis Historia, il est certain, donc, que le citron a été planté et acclimaté en Campanie au premier siècle après Jésus-Christ, même si en tant que fruit rare. Il semble que parmi les Romains, l'Empereur Néron en était un consommateur assidu, obsédé comme il l'était par le pressentiment d'être empoisonné.

C'est en Occident, en Sicile, que le citron se répandit aux environs de l'an 1000 grâce aux Arabes. La première description du citron, qui a été introduite par l'Inde, deux siècles auparavant, est issue effectivement en écrit arabe datant du XII siècle. Les origines de son nom dérivent du persan (لیمو  Limu).

C'est en Europe et plus précisément à Gênes, à la moitié du XV siècle, qu'a été crée la première vraie culture de citrons. En 1494 les citrons apparurent aux Azores, mais le citron ainsi que les autres agrumes ont été apportés en Amérique par les Espagnoles et par des missionnaires, après la découverte de Christophe Colomb.

C'est au XV siècle que l'on découvrit également que le jus de citron soignait et préservait du scorbut, une maladie très répandue parmi les marins qui se nourrissaient pendant de longues périodes uniquement de farine, d'aliments en conserve et d'autres aliments pauvres en vitamine C.

C'est avec le temps que l'on constata que le scorbut dépendait d'une haute carence prolongée en vitamine C (acide ascorbique) qui était contenue dans les fruits et dans les légumes frais, c'est pourquoi on comprend l'usage du citron ,en grande quantité, à bord des navires.

Ce fut grâce aux voyages par mer que ce fruit a été introduit également dans les pays du Nord de l'Europe. Les navires qui arrivaient dans la Méditerranée s'approvisionnaient de citrons, en payant en marchandises de valeurs ou carrément en or.

Ces fruits qui avaient été acquis étaient revendus à un très haut prix dans les pays du Nord, où le citron était considéré un produit de grand luxe, mais il servait principalement comme ornement ou comme traitement thérapeutique. Ce n'est qu'au XVIII siècle que l'on commença à utiliser le citron pour aromatiser les aliments et les boissons.